Molecular Devices GenePix Pro v6.0.1.27 (生物芯片扫描分析):
生物芯片扫描分析软件
[摘自官方网站]

GenePix Pro 6.0 是由 Axon Instruments(www.axon.com) 公司所开发之快速且具高品质的 DNA 微数组扫瞄工具，它也提供微数组资料的获取和分析软件。
GenePix 4000 系列扫瞄器利用同步双雷射(dual-laser)扫瞄系统及时产生比例影像(ratio image)，此比例影像是标准的 24 位红、绿、蓝色合成影像，它们的内定值分别为 635、532及 0 nm 之雷射光。如果我们将参考组(reference)与检测组(test)的 cDNA 分别标示为 Cy3 (绿光) 和 Cy5(红光)，若比例影像呈现红色，则表示检测组之cDNA的表现量高于参考组；反之，若为绿色，则表示检测组之cDNA的表现量低于参考组；若两者差异不大时，则以黄色呈现。然而，为使基因表现以数量化型式呈现，我们可以定义比例影像为红光强度除以绿光强度，亦即Cy5/Cy3，其值大于(小于) 1，表示检测组之cDNA的表现量高(低)于参考组。

GenePix Pro 6.0 将玻片上每一 DAN 斑点(inividual spot)称作feature，并在feature上划出一适当的圆形区域，称之为feature-indicator，它是GenePix Pro 3.0资料分析的基本单位。首先将整个玻片划分为格子状之映像点(pixel)，利用这些原始影像上映像点之雷射光表现量可以计算各个feature-indicator的平均值、中位数及标准差。另外，以每一feature-indicator为中心，并以其直径之3倍为直径画出一圆，利用落于此圆内、斑点外之映像点的雷射光表现量计算背景光强度之平均值、中位数及标准差。尔后GenePix Pro 6.0 计算每一feature-indicator比例影像值时，均先减去其各自背景光强度之中位数。

GenePix Pro 6.0 提供的比例影像值包括中位数比值(ratio of medians)、平均数比值(ratio of means)、比例的百分位数(quantities derived from pixed-by-pixel ratios)、比例的中位数(median of ratios)、比例的平均数(mean of ratios)及回归比例(regression ratio)